增值稅扣稅憑證是進項稅額抵扣的必要條件，如果扣稅憑證（以下以專票為例）出現瑕疵，必然會影響進項稅額的抵扣，已經抵扣的進項稅額需要做轉出，但瑕疵類型不同，轉出的時間也不同。

接受虛開專票（善意取得虛開除外）

進項稅額要追溯至稅款抵扣期轉出，轉出后需要補繳稅款的，除補繳稅款外，還需要繳納滯納金。

例  甲公司2025年5月14日接到稅務處理決定書，認定該公司2023年4月已抵扣進項的增值稅專用發票為虛開，要求自收到決定書之日起15日內到將已抵扣稅款和滯納金繳納入庫，并按照規定進行相關賬務調整。

情形1：甲公司2023年4月銷項稅額為100萬元，進項稅額90萬元（含虛開專票對應的進項稅額60萬元），已申報繳納稅款100-90=10萬元，則2025年5月份更正2023年4月屬期報表后，需要補繳增值稅60萬元，城建稅60×7%=4.2萬元，教育費附加60×5%=3萬元，其中增值稅和城建稅還有滯納金，滯納起止為2023年5月申報期最后一日起至稅款實際入庫之日。

假定，甲公司2025年存在留抵的進項稅額100萬元，能否用2025年的進項稅額，去抵扣2023年的稅款呢？答案是，不可以。

情形2：甲公司2023年4月銷項稅額為100萬元，進項稅額為190萬元（含虛開專票對應的進項稅額60萬元），4月期末留抵90萬元，則2025年5月份更正2023年4月屬期報表后，調減留抵稅額60萬元，無需補繳稅款和滯納金。

接受異常扣稅憑證

納稅信用等級不為A級的納稅人，進項稅額在納稅人辦理收到相關稅務事項通知書對應稅款所屬期的增值稅及附加稅費申報時轉出，轉出后需要補繳稅款的，只補繳稅款，沒有滯納金。

例  乙公司2025年5月14日接到稅務事項通知書，告知該公司2023年4月已抵扣進項的增值稅專用發票為異常扣稅憑證，要求其作出稅務處理。

乙公司應當在2025年6月15日前申報5月屬期稅款時，在附列資料（二）第23a欄將已抵扣的異常扣稅憑證的稅額轉出。

假定，2025年5月乙公司銷項稅額100萬元，進項稅額90萬元（不含異常扣稅憑證已抵扣進項稅額60萬元），該公司為控制稅負計劃當月繳納增值稅10萬元，“應交稅費—待認證進項稅額”科目余額300萬元。

情形1：不對待認證進項稅額做處理，2025年6月正常申報5月稅款，轉出進項稅額60萬元，應納增值稅額為100-（90-60）=70萬元，無滯納金。

情形2：合理進行財稅規劃，6月申報期內，額外勾選確認進項稅額60萬元，轉出進項稅額60萬元，應納增值稅額為100-（90+60-60）=10萬元，無滯納金。